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推荐的笔记软件：（主要是免费或者支持买断，支持导入PDF并编辑）
① BookxNote Pro（极力推荐！只有Windows版和Linux版，完全免费的宝藏 PDF 笔记软件！相当于iOS上的MarginNote。）（不仅支持打开 PDF 文件，也支持打开 EPUB 文件。主要的功能包括：PDF 阅读、PDF 标注、PDF 记笔记、PDF 笔记整理、PDF 笔记思维导图。支持多种格式的笔记导出，包括：大纲 HTML 、线性笔记 HTML 、Anki 格式、思维导图 PNG 文件、Xmind 思维导图格式、OPML 文件。）
② PDFelement（支持iOS，安卓，Windows和MacOS版四平台）（版本8开始叫 万兴PDF）（出自深圳的万兴科技集团股份有限公司）（有的PDF打开后直接无显示文字。）（升级到专业版价格较贵，各个系统的万兴PDF会员是不互通的。像双十一活动促销时Windows或Mac单平台版终身会员400元，Win、MacOS、iOS三平台版终身会员600元。终身会员享有的功能为能直接对PDF进行原文文字编辑，输出文档无水印、无限制格式转换、PDF文档注释、OCR图文识别、PDF文档压缩、批量处理PDF文件）
版本8 以前是没有卖终生会员的，从版本8 时从PDFelement改名万兴PDF 了，PDFelement 6 是万兴PDF 9 的前身，版本6的会员补100元就可升级到版本9 ，客服说以后都是可以免费终身升级。
PDFelement的iOS版目前内购专业版要218元，升级后功能有保存无水印，压缩PDF，扁平化的副本，自动保存，无限制且优质的签名，纯文本识别，OCR PDF，转换PDF。（不建议购买，忽略）
万兴PDF的iOS版目前内购专业版要128元，升级后功能有OCR：识别和编辑PDF，纯文本识别和提取，转换无限制，保存无水印，iPhone和iPad同时可用，支持自动保存，无限制且优质的签名。
Android版：2.0的版本叫PDFelement，3.0.1的版本开始叫 万兴PDF专家（Google Play可下载）。目前官网表示终身免费使用，应用无内购，但是功能不多，没有OCR功能， PDF转换功能等。相当于没有开会员的iOS版。
官网还有个免费的万兴PDF阅读器，那就是只有阅读PDF 文档功能的万兴PDF。
③ Noteshelf（支持iOS，安卓，Windows和MacOS版四平台，买断制，不同平台价格不同。iOS上售价68元（2021年曾降价到50元）！安卓版Google Play售价4.99美元，Windows版本售价35元）（做笔记和PDF注释，功能齐全且强大，可以导入音频（即录音），但无音频识别功能。无法打开TXT。）（iOS上的Noteshelf的同步功能只有三种方式：iCloud，Evernote同步，导出数据到本地。备份的话一样是Google Drive，Dropbox，OneDrive和WebDAV）（安卓平台上联网能自动备份到Dropbox，Google Drive，OneDrive，Evernote）；
④ Markdown笔记软件：Obsidian（免费，支持安卓，iOS，Windows三平台）；Milkdown 开源并且支持扩展。可以和 Reactor、Vue 框架进行集成；Typora收费了。
不推荐应用（主要原因是无法购买后永久使用，且普通版功能在其他应用那能直接替代，总之就是不值得订阅制）：
① Xodo（支持安卓，iOS，Windows三平台）（PDF阅读、编辑和扫描）（不能一次买断，要持续订购。iOS上按月80元，按年728元。安卓上按月13.99美元，按年124.99美元。Windows上按月85元，按年764元。都是天价，难怪话题量用户量都很少）
注：
-普通版其实功能也足够用了，例如：编辑功能（高亮突出显示、下划线、删除线、曲线、印章、签名、墨水笔、橡皮擦、标记、文本框、正方形、拖动），大纲、缩略图、书签、批注，PDF文字搜索，更改视图模式。（但这些PDF基本编辑功能，上面推荐的几款都完全拥有）（能打开TXT。）
缺点：Xodo的笔记没办法云同步，无法备份到云盘。有的PDF打开会乱码。
-订购升级到Xodo Pro后，才有这些功能：1.PDF到Office转换 2.无限制的文档操作 3.批量文件处理 4.高级文档压缩 5.逐边PDF比较 6.无限制的PDF编辑功能 7.无限制的图片、页面和文本 8.多窗口查看PDF 9.跨平台访问处理 10.无限制的HTML转换）
② WPS Office（支持安卓，iOS，Windows三平台，订阅制，会员适用于不同平台。无法购买终生会员，可通过签到免费领会员。详见iPad那里）
③ Drawboard PDF（只有iOS版和Windows版，无安卓版本。免费下载，但是内购订阅制），
免费版勉强用了，自带云存储，但只支持10个最大40MB的文档上传存储，进而实现跨平台云同步。可使用基本工具：钢笔、荧光笔、形状和下划线。
Essentials Plus版，按月31.5元，按年378元。（Windows版则是按月34元，按年409元。）支持最多20个最大70M的文件上传存储，进而实现跨平台云同步。可使用高级工具：自定义线条样式、文本标注和超链接。测量和订制校准：使用页面校准和所有测量工具进行精确测量。页面模板：包括笔记本纸、绘图纸、五线谱、网格和圆点模式。
Premium 版，按月76.5元，按年918元。（Windows版则是按月82元，按年989元。）支持最多200个最大200M的文件上传存储，进而实现跨平台云同步。可使用基本工具：钢笔、荧光笔、形状和下划线。可使用的高级工具、页面校准和所有测量工具、页面模板都和Essentials Plus一样。
④ 以下几个软件无法在加密的PDF文件上做笔记，标注都不行：
Adobe Acrobat Reader（支持iOS，安卓，Windows和MacOS版四平台。订阅制，按年iOS上508元，安卓上29.99美元。购买后才能：编辑文本和图像；将PDF导出为Word、Excel、PowerPoint、JPEG或PNG；将文档或图像转换为PDF；合并多个文件、插入、提取、旋转和重新排序页面；压缩文件）；福昕PDF阅读器、福昕PDF编辑器（这两个支持iOS，安卓，Windows和MacOS版四平台。订阅制，不同平台不同价格）
